自體免疫疾病，是身體的免疫系統無法分辨本身細胞或外來微生物，而造成錯誤的攻擊本身正常細胞產生的疾病。目前已知有超過80種自體免疫疾病，幾乎可發生在人體的任何器官或組織。常見的自體免疫疾病有發炎性腸病(Inflammatory bowel disease, IBD)、多發性硬化症(Multiple Sclerosis)、類風濕性關節炎(rheumatoid arthritis)、乾癬(psoriasis)、第1型糖尿病、全身性紅斑狼(Systemic Lupus Erythematosus，SLE)等。
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